港口设施的升级是基地发展的核心环节之一，直接影响舰船停泊上限和资源调度效率。港口设施分为通用港口、资源港口和军事港口三类，升级优先级需根据发展阶段动态调整。初期应优先升级通用港口1至3级，以满足基地扩建的基础条件，同时解锁更多工程舰队列。通用港口的升级需消耗金属、晶体和重氢资源，且每级耗时递增，建议使用动员令加速关键节点。
工业区的资源港口升级对中后期资源采集效率至关重要。当基地达到4级后，需将资源港口1升至4级以解锁中型工程舰生产，这是开采3-4级矿点的必备条件。资源港口2和3的升级则需在基地6-7级后推进，可提升高级矿车的仓储与采集速度。需注意资源港口升级需同步提升采集指挥中心等级，否则矿车效率无法完全发挥。
军事港口的升级侧重战斗效能，建议在基地5级后逐步提升。军事港口1解锁战机生产线，军事港口2-3则对应战列巡洋舰和航母的停泊需求。升级军事港口需消耗大量晶体和重氢，且单次升级耗时超过8小时，需提前储备预制模组加速。军事港口的等级还影响舰队指挥值上限，每级提升约10%的舰队规模容量。
港口设施升级需遵循主线任务优先原则。主线任务常要求特定港口等级作为基地扩建前提，例如2本基地需通用港口3级，4本需资源港口1级。偏离主线盲目升级会导致资源浪费。每日可通过贸易站用电子货币购买动员令和预制模组，合理规划加速道具使用能缩短30%以上的升级周期。
8级基地可建造高级采矿平台，资源港口需与平台同步升级以获得25%采集加成。9级基地的战地指挥中心会强化所有港口效能，建议最后升级。港口设施的最高等级受基地等级限制，例如9本基地的通用港口上限为9级，需预留200万金属和50万晶体用于最终突破。
